Nella chiesa, edificata tra il 1470 e il 1478, si ammirano affreschi di varie epoche, una bella cupola illusionistica e un organo del 1700.
Nel 1300 la chiesa di Sant'Antonio Abate, fondata dai Frati Antoniani, non riusciva più a contenere i numerosi fedeli. Per questo motivo i morcotesi si ricordarono della piccola cappella votiva situata ai piedi della roccia sopra l'abitato, luogo nel quale venne ritrovata nel 1313 una statuetta in pietra raffigurante la Madonna. La Chiesa Santa Maria del Sasso venne quindi edificata in questo posto santificato tra il 1462 e il 1478.
L'edificio ha tre navate in stile romanico, dotato di sei caratteristici pilastri in terracotta. Fu oggetto di una trasformazione secondo il gusto barocco nel 1758. La chiesa contiene antichi affreschi e un organo del 1700. Gli affreschi, in parte nascosti dall'organo medesimo, sono attribuiti a Domenico Sursnicus (1513) e raffigurano scene della Passione: a destra Orto degli Ulivi, a sinistra Cristo che porta la Croce. Sulla parete frontale una Crocifissione, sulla volta episodi della Genesi.
Gli affreschi più antichi della chiesa si trovano nella volta a crociera e sull'arcata della campata sud-est e vennero dipinti poco dopo la fine dell'edificazione, negli anni 1480-90. Rappresentano il Padre Eterno, Sant'Agostino, San Tommaso d'Aquino e Geronimo e sono particolarmente pregevoli per la qualità e l'unicità nella storia dell'arte lombarda. Le sei figure di sante dipinte nell'arcale della navata centrale sono attribuite a Domenico da Montorfano.
