La piccola Chiesa di Santa Maria è inserita nella parte del Nucleo più antica di Mendrisio. Il cammino che conduce alla Chiesa è lastricato di ciottoli, traccia superstite e perciò preziosa della pavimentazione originaria. La chiesetta profuma di antico come le viuzze che si percorrono per raggiungerla. Della prima costruzione, di origine romanica e in seguito ritoccata, restano solo il campanile, rialzato nel Seicento, e forse la navata.
L’interno è formato da una sola e piccola navata centrale, con la volta coperta da affreschi dipinti da Angelo Sala e raffiguranti angeli in volo.
Nella parte destra della navata si apre la piccola cappella dedicata a San Carlo, di grande pregio artistico: straordinari sono la cupola a pianta ellittica anziché circolare come da tradizione e i preziosi stucchi di ispirazione barocca, con i motivi tipici delle conchiglie, delle cornucopie e della frutta. Nella nicchia dell’altare, la bella statua di Agostino Silva che raffigura, in un’immagine viva e animata, San Carlo Borromeo mentre avanza benedicente, vestito in solenni abiti da cerimonia, fra due putti quasi intimiditi da tanta autorevole santità.
Merita attenzione, nella nicchia della parete sinistra, la tragica e quasi espressionista Madonna del pianto, col volto deformato da una smorfia patetica: è un’immagine insolita della Vergine, che abitualmente appare composta anche nel dolore.
Sull’altare maggiore, di stucco bianco e oro di foglia, una pala raffigurante la Natività della Vergine. Accanto alla Chiesa, grazie agli scavi archeologici del 2002, sono stati rinvenuti resti importanti di pavimenti in mosaico appartenenti a una grande villa romana del secondo o terzo secolo d.C.