L'interno e a tre navate con campate di archi a tutto sesto, il coro quadrangolare e sormontato da una cupola ottagonale. All'ingresso un fonte battesimale in pietra del secolo XV. Nella navata a nord trittico in pietra raffigurante la Madonna con Bambino tra i santi Sebastiano e Rocco, databile ai primi anni del Cinquecento e attribuita a Tomaso Rodari. Vi e pure un'altra statua della Madonna con Bambino in marmo bianco della fine del XVI secolo. Nella parete sopra il confessionale la tela raffigurante S. Paolo e opera di G. A. Petrini (1750). Gli affreschi alle pareti con S. Sebastiano e i santi Francesco e Benedetto sono in stile tardogotico e forse appartengono ai Seregnesi. Nella cappella del Rosario, la cui ricca ornamentazione a stucco e opera di Battista Casella (fine XVI secolo), due statue nell'edicola, S. Giovanni Battista e S. Lucia, affiancano una statua in legno dorato della Vergine. Il grande altare marmoreo e della meta del Settecento. Sulle pareti del presbiterio gli affreschi raffiguranti la Crocifissione, la Gloria del Paradiso e il Giudizio Universale, opere di Domenico Pezzi (o Pozzi) della Valsolda (1584). La Gloria del Paradiso ha uno schema compositivo che ricorda la Disputa del Sacramento di Raffaello mentre il Giudizio universale si ispira all'opera di Michelangelo. Nella cappella di S. Giovanni Battista, sopra l'altare, la statua marmorea del santo, di ottima fattura, e databile alla fine del '500. Sopra il portale di ingresso un'affresco con l'Ultima Cena eseguito sull'illustre modello leonardesco.