L'intérieur comprend trois nefs avec des arcs en plein cintre et un choeur quadrangulaire surmonté par une coupole octogonale. A l'entrée, on peut voir les fonts baptismaux en pierre du XVe s. La nef nord abrite un triptyque en pierre de Tomaso Rodari (début XVIe s.) représentant la Vierge à l'Enfant entre St Sébastien et St Roch et une autre statue de la Vierge à l'Enfant en marbre blanc (fin XVIe s.). Sur le mur au-dessus du confessionnal, se trouve une toile de G. A. Petrini (1750) de St Paul. Les fresques murales des saints Sébastien, François et Benoît sont de la fin de la période gothique et sont peut-être des Seregnesi. Dans la chapelle du Rosaire, qui présente une riche décoration de stucs réalisée par Battista Casella (fin XVIe s.), deux statues dans l'édicule (St Jean Baptiste et Ste Lucie) sont à côté d'une statue de la Vierge en bois doré. Le grand autel en marbre date du milieu du XVIIIe s. Sur les murs du presbytère: fresques de la Crucifixion, Gloire du Paradis et Jugement dernier, de Domenico Pezzi (ou Pozzi) de la Valsolda (1584). La composition de la Gloire du Paradis rappelle la Dispute du Saint-Sacrement de Raphaël, alors que le Jugement Dernier s'inspire de l'oeuvre de Michel-Ange. Dans la chapelle de S. Giovanni Battista, au-dessus de l'autel, se trouve une belle statue en marbre du saint, de la fin du XVIe s. Fresque de la Dernière cène réalisée sur le modèle de Léonard de Vinci au-dessus du portail d'entrée.