Il Passo del San Gottardo fu praticato come valico solo a partire dal secolo XII e a quest'epoca data anche la costruzione dell'ospizio, sorto per volere dell'Arcivescovo di Milano Galdino (1171).
Sul luogo di un precedente piccolo santuario dei secoli IX/X, a fianco dell'ospizio, fu costruita una cappella che conobbe, alla fine del XVIII secolo, un rifacimento voluto dai Padri Cappuccini che amministrarono l'ospizio fino al 1799.