All'interno un chiostro quadrangolare con nove colonne per lato. Nelle sale dell'antico refettorio la ricca decorazione di Baldassarre Orelli (1716), in cui sono raffigurate le Nozze di Cana, l'ultima Cena e la Gloria di S. Francesco con alcune virtù, è pervasa da un gusto della prospettiva ancora schiettamente barocco.
Secondo la tradizione, un frate di questo convento, Fra Bartolomeo, ebbe nel 1480 la visione della Madonna sopra una rupe: da qui l'origine del santuario della Madonna del Sasso.
Sulla piazza davanti alla chiesa l'antico monumento funebre d'epoca medioevale dedicato a Giovanni Orelli.
