Nel 1853 il Convento venne abbattuto per fare spazio al vecchio Ospedale. Al termine dell’invitante viale alberato che conduce alla Chiesa spicca la rossa facciata con il mosaico raffigurante San Francesco, opera dell’artista mendrisiense Gino Macconi (1967).
All'interno, un’unica navata ricoperta dalla volta a botte, dipinta in stile neogotico dall’artista Angelo Sala (1870). Nella sua parte anteriore si trovano diverse tele del Seicento, tra le quali, a destra, San Felice da Cantalice (1637), con un suggestivo scenario naturale di grigi e di bruni, e a sinistra Sant’Antonio da Padova, dipinto nel 1655 da Francesco Torriani, ammirevole per la calda tonalità dorata.
La prima cappella di destra ha un altare tardo barocco di legno con una statua della Madonna che calpesta il demonio.
Sull’altare maggiore sono riconoscibili espressioni artistiche di stili diversi: il ciborio tardo barocco a forma di tempietto; la mensa ottocentesca neoclassica; la pala d’altare del Seicento – copia da Giovan Battista Crespi detto il Cerano – con il Crocifisso tra i Santi Francesco e Carlo che con gesti di trasporto affettuoso impersonano la devozione intensa cara alla religiosità della Controriforma. Nel coro settecentesco si trovano diversi quadri del Sei, Sette e Ottocento appartenuti al convento e raffiguranti beati e frati cappuccini.
