Längs des Kirchenschiffs sind einige Seitenkapellen angebracht. Auf dem Altar der Kapelle links vom Chor ist eine Holzstatue der Jungfrau Maria zu sehen, die aus der leider abgebrochenen Kapelle Santa Maria del Ponte stammt. Der Hauptaltar ist aus mehrfarbigem Marmor. Die Altartafel der Kreuzigung mit den Kirchenpatronen wird Giuseppe Mattia Borgnis zugeschrieben. Seit 1653 werden in der Kirche Reliquien des römischen Märtyrers Theophil aufbewahrt.