L'interno si presenta assai monumentale; quattro coppie di pilastri reggono la cupola; lo spazio architettonico è ritmato da vani e cornici. L'architetto Moraglia curò anche l'altare maggiore, il battistero, il pulpito (ora rimosso) e l'arredamento. L'altar maggiore in marmi policromi porta un ciborio a foma di rotonda e angeli oranti di Antonio Allio (1846). Coro e abside sono stati affrescati da Richard Seewald nel 1948. Negli altari laterali, tela della Pietà di Antonio Ciseri (1851) e un'insolita Natività firmata "Mauro Conconi 1848 in Magadino f.".
La chiesa è stata restaurata negli anni 1987-88 dagli architetti Orlando Pampuri e Giampiero Orsi; sono stati posati un nuovo pavimento in marmo di Arzo e un nuovo altare in marmo di Peccia.
