All'interno la navata con volta a botte presenta delle lunette sopra le quattro cappelle laterali; pilastri con capitelli corinzi sostengono il cornicione. Assai interessanti sono i cinque altari in stucco d'epoca tardo barocca.
L'altare maggiore con colonne ritorte, sormontato da cupola, è decorato da figure d'angeli opera di Domenico Insermini di Mugena (secolo XVIII) e conserva un'ancona di sant'Agata. Uno di fronte all'altro stanno due altari dedicati alla Madonna: uno con stucchi di Insermini (1745), l'altro (Madonna della Cintura) con stucchi settecenteschi probabilmente dello stesso artista e due statue di santi. In nicchia si trovano pure tre statue opera di Pietro Ferroni di Arosio.
Sulla parete nord del coro affresco datato 1683.
La chiesa è stata restaurata negli anni 2000-2001.
